如果咽喉囊肿暴露较好，可能十几分钟或者是半个小时可以做完咽喉囊肿手术。但是如果囊肿长得比较大，与舌根有粘连或者囊肿已经侵犯到声门或者声门以下，这个时候手术可能会比较难。
咽喉囊肿手术暴露不是很好，也可能会导致手术时间延长，比如患者非常胖，颈部是短粗型，对麻药不耐受，使用多种麻醉药以后嘴无法张不开，手术时间也会长一些。
熟练的大夫经常做手术，可能十几、二十分钟就可以做完手术，经验不足的医生手术时间会相应延长。患者如果有其他疾病，比如高血压，需要长期吃抗凝药，术中会有并发症出现，如出血，这个时候可能需要止血，也会耽误一些时间。
还有医生会选择一些器械做咽喉囊肿手术，比如激光、等离子以及冷器械，如果有这种高能量设备，可能手术时间会快一些。如果没有激光、等离子，手术时间也会相应延长。
