大部分自身免疫性脑炎，如果及时、适当治疗可能并不会对寿命造成影响。所以要看患者脑炎的类型，是否合并肿瘤，以及是否得到及时、有效治疗，与预后都有较明确的关系。

自身免疫性脑炎涵盖范围比较广，疾病预后与不同类型有较大关系，特殊抗体相关的自身免疫性脑炎，比如NMDA脑炎(N-甲基-D-天冬氨酸受体脑炎)，总体预后较好，80%患者治疗之后能够好转，尤其是早期便开始免疫治疗的患者预后较好。另外抗LGI1抗体脑炎的病死率大约在10%以下，大部分患者不会影响到寿命。如果是重症患者可能相对较重。此外抗GABA受体脑炎且合并肿瘤患者，死亡率大约在10%。