如果是由于疾病治疗的需要，阿莫西林胶囊和人工牛黄甲硝唑可以在医生的指导下一起使用。因为阿莫西林胶囊属于青霉素类抗菌药物，主要用于治疗细菌感染，用于阿莫西林敏感菌所导致的一系列感染症状的治疗。而人工牛黄甲硝唑是一个复方制剂，既含有抗菌成分甲硝唑，又含有人工牛黄。甲硝唑作为抗厌氧菌作用为主的抗菌药，抗菌谱和阿莫西林不同，人工牛黄主要具有清热、解毒的作用，所以人工牛黄甲硝唑主要用于治疗急性智齿冠周炎，以及局部的牙槽脓肿、牙髓炎等。

所以二者药物的成分不同，治疗的疾病也不同，如果由于治疗的需要可以联合使用，但是要在医生的指导下用药。此外在用药过程中，还需要注意监测不良反应，比如阿莫西林作为口服的青霉素类药物，最严重的不良反应是过敏性休克，所以在用药以前必须做皮试，而人工牛黄甲硝唑也要监测不良反应。