临床上确诊肛瘘的方法如下：

1、症状方面，咨询患者是否出现过红、肿、热、痛的情况，如果患者曾有以上症状，后期又出现脓血便，则符合肛瘘的发展过程；

2、存在隐性的肛瘘，即患者从来没有出现红、肿、热、痛症状，但是也患有肛瘘。这种肛瘘在诊断时症状不明显，不符合常规肛瘘的症状，需通过B超、指诊方式确诊。常规是先做指诊，触及患者的内口观察患者的反应，比如压痛或结节样、条索样；

3、在手指诊断不明确的情况下，可以考虑辅助检查，比如B超观察是否有炎症性索道。在B超无法确诊时也可通过比较先进的方式，如磁共振、NR、GNR，通过观察其反应进行诊断，通常在NR上能够体现出有肉感内口的情况存在。