朗格汉斯细胞组织细胞增生症的发病原因目前不明确，曾被认为是一组与免疫功能异常有关的反应性增殖性疾病。但目前较多研究发现，在朗格汉斯组织细胞增生症患者的病理组织中发现有BRAF-V600E基因突变，突变率可以达到50%以上。没有BRAF突变基因的患者病理组织标本中，可发现MAP激酶、PI3K/AKT等信号通路异常，参与疾病的形成。

因此朗格汉斯组织细胞增生症可能是一种髓系肿瘤性疾病，但是相关研究还在不断进行中，随着研究进展，关于本病的病因可能会逐渐清晰。