脑脓肿术后常见并发症主要是颅内感染。本身脑脓肿是颅内感染，切除的时候也有可能导致脓肿破溃，引发全脑脊髓感染，是非常严重的并发症。患者可以出现高热不退，甚至电解质紊乱，部分患者甚至可能癫痫持续发作，无法控制病情，可导致患者死亡。

脑脓肿切除是开放手术，可以导致窦道形成、脑脊液漏等并发症。脑脓肿除并发颅内感染，还可以导致颅骨感染、皮下感染等，甚至可导致败血症，严重者可以出现DIC。