烧艾草有一定的室内消毒作用，但效果并不如现在常用的含氯消毒剂，比如84消毒液，紫外线消毒车、紫外线消毒灯以及空气洁净器等，可以作为辅助消毒方式，不能将其作为单独的一种消毒方式。通过烧艾草消毒是传统中医用于防瘟疫的方法之一，过去并没有含氯的消毒剂、紫外线灯以及空气洁净器，烧艾草是一种比较好的消毒的方法，因为烧艾草所产生的大量烟雾，可以比较均匀的分布于室内的各个空间。
研究发现艾草产生的烟雾中的某些成分具有比较好的杀菌作用，对于金黄色葡萄球菌、结核杆菌以及其他病菌具有比较好的杀灭作用，在过去科技条件不发达的情况下，烧艾草可以达到一定的室内消毒的目的。但引起人类疾病的病原微生物并不仅仅有细菌，还包括各种病毒，也容易引起人体罹患某些疾病，尤其传染病，而烧艾草所产生烟雾的杀灭作用比较有限，即使是对于金黄色葡萄球菌，艾草所产生的烟雾的杀灭作用，相对而言也比较有限。所以现在进行室内消毒更应该选择含氯的消毒剂，如84消毒液、紫外线灯或空气洁净器等，烧艾草消毒空间只能作为一种辅助方式。
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