小儿脱肛大部分可以自愈，因为小儿脱肛最主要的是在慢性咳嗽、慢性腹泻、反复便秘的诱因下造成。所以小儿脱肛如果程度较轻、容易还纳、没有明显的嵌顿现象，这时针对原发病进行治疗。
比如寻找小儿反复咳嗽、便秘的原因，便秘可能是因为大便干燥或者肠功能紊乱造成小儿脱肛，部分小儿脱肛可能是反复腹泻造成。在原发病得到纠正后，可能小儿脱肛的症状会逐步改善、好转。
如果小儿脱肛脱出比较严重，脱出的肠管比较长、还纳困难，长时间后可能在直肠黏膜表面会造成溃疡、出血、糜烂，这种情况可能还需要进行后期的手术校正，将脱出或者过多的直肠黏膜，或者直肠壁组织进行切除。
所以小儿脱肛一般能够自愈，关键是针对原发病进行治疗，如果在原发病治疗以后脱肛逐渐严重，脱出的肠管逐渐增长或者还纳困难，这时可以考虑手术治疗。
