先心病可以接种卡介苗，为了更好保护先心病儿童，提倡在尽可能情况下积极为儿童进行计划免疫，即打预防针。此类疫苗包括卡介苗、脊髓灰质炎疫苗、百日咳疫苗、白喉疫苗、麻疹疫苗等。绝大多数情况下，先心病并不是预防接种的禁忌证，但发生发热、腹泻、肺炎时不能接种疫苗，可以在疾病恢复后再补种。

先心病手术以后患儿恢复较好，无感染症状或腹痛、腹泻、荨麻疹等感染表现或异常情况，一般推荐手术以后3个月进行疫苗常规接种。部分患儿接种以后会出现不良反应，如发热或局部皮肤红肿等，发生率与正常儿童相同，一般无需特别处理，过一段时间即可逐渐消失。