肠道间质瘤的治疗方法有多种，要根据病人的状况、间质瘤分期选择不同的治疗方法，包括手术治疗、化疗、药物治疗。

如果间质瘤长在小肠，进行小肠切除。如果间质瘤长在大肠，则为大肠部分切除，切除目的是尽量达到根治。如果肠道间质瘤进展到晚期，或者已经有远处转移，出现肝转移或腹腔转移，此时不能进行根治性切除，可以进行姑息手术。术后依赖药物治疗，如伊马替尼等。