子宫内膜异位症患者的怀孕几率较正常女性低。文献表明，50%的不孕症患者合并子宫内膜异位症。子宫内膜异位症影响怀孕的原因较多，目前公认原因是病灶导致输卵管、盆腔病灶粘连，输卵管功能存在障碍，可以造成送卵困难。同时，卵巢异位囊肿可导致排卵功能障碍，较大卵巢囊肿会影响正常卵巢功能。

目前研究较为热门的是免疫因素，如此类患者存在抗精子抗体，导致怀孕困难。因此，子宫内膜异位症的手术指征之一是存在卵巢囊肿，手术以后半年内怀孕概率最高。