盐酸小檗碱和黄连素，是同一物质的两种不同名称，是一种较重要的生物碱，也是我国应用较久的一味中药，从黄连、黄柏、三棵针中提取出。黄连素有较明显的抑菌作用，能够对抗病原微生物，对抗多种细菌，比如痢疾杆菌、结核杆菌、肺炎球菌等，对痢疾杆菌的抑菌效果最强，最常用来治疗细菌性肠炎、痢疾等消化道系统疾病。

临床可以见到盐酸小檗碱的口服制剂，用于治疗肠道感染、胃肠炎 ，如腹泻、拉肚子的症状。口服不良反应比较少，偶尔可以见到恶心、呕吐、食欲不振的胃肠道不适症状，停药后不适症状会消失。