维生素D2和D3都属于维生素D家族，但是两者之间确实不同。维生素D2来自植物，如一些菌类、蘑菇之类的，是纯植物来源，经过皮肤照射，7-脱氢胆固醇，就会转化为维生素D2，经过肝脏的吸收入血，肝脏羟化，变成了25-羟D2，然后再经过肾脏羟化，变成1,25-二羟维生素D2，这是它的途径。D3实际上是动物来源，如深海鱼油中含量比较高，D3实际上的代谢的途径跟D2是一样的，也是要经过肝脏的25羟和肾脏的1,25双羟，再达到活性的作用。
D2和D3在体内的生物学活性，实际上差很多，就是因为D3的活性更强，而D2的活性稍微差一点。有人可能担心D3的活性太强了，会不会引起中毒，D2的稍微差一点，是不是相对会比较稳定，不会造成中毒，确实是这样。因此，临床上在补充D2和D3的时候，剂量会差很多，比如补维生素D2，可能每天要补5000-10000，但是如果要补D3，可能补1000就可以了。所以D2和D3，从来源到生物学特性，其实都是不同的。
