对于既有肾囊肿又有结石的患者，在治疗的时候需要考虑二者之间是否相关性，就是肾囊肿是否会影响结石排出。如果肾囊肿并没有造成梗阻，对结石的排出没有影响，可以把结石和肾囊肿看作两类疾病单独处理。如果肾囊肿的直径在4cm以上，可以采用微创方式进行囊肿的抽吸或者囊肿去顶。对于结石而言，如果结石的直径在6mm以下，可以采用自然排石的方法，嘱患者多饮水、多排尿，同时可以配合排石的中药，帮助结石排出。
如果结石在0.6-2cm之间，可以采用体外冲击波碎石的方法将结石粉碎，有利于结石的排出。如果结石的直径在2cm以上，通常可以采用手术方式，比较常用的方式包括经皮肾镜和输尿管软镜碎石取石术。还有另一种情况，就是肾囊肿造成梗阻，这种情况下影响结石的排出，通常需要处理结石的时候同期处理肾囊肿。如果结石较大可以做双管软镜。对于碎石而言，在肾盂内将囊肿进行切开，充分引流，这样囊肿和结石可以同时处理。
