B超是诊断胆管结石的首选方法，通过B超可以明确胆管结石大小、部位，位于肝内胆管还是肝外胆管，同时CT检测可清楚显示肝内胆管结石、肝门结石与其周边结构的关系、胆管扩张程度，肝脏是否增大，肝脏是否萎缩。系统观察CT，可了解结石在肝内胆管中的分布情况。

另外还有X线胆道造影，是诊断肝内胆管结石的有效方法，一般通过一系列的检查，可做出比较正确的诊断。另外，磁共振、胆道造影属于无创性检查，不需要十二指肠镜即可诊断肝内胆管及肝外胆管结石，对胆管结石有较大的诊断价值。