骨结核的治疗是一个系统工程，首先需要对于局部病灶进行处理。局部病灶彻底清创，恢复骨稳定性，减轻脊髓压迫，清除关节脓液，采取药物灌注。经过一个周期的治疗，可以获得比较良好的效果。但因为结核感染，本身存在很多的因素，现在结核耐药性很强，治疗周期与结核的发生和病人的抵抗力弱也有关。所以对于结核的治疗，即使是骨结核，仍然需要坚持1年半以上的服药治疗。对于骨结核，需要局部的周期治疗，手术之后，结合标准的1年半以上的四药联合全身化疗，使结核菌获得良好的控制。
不规则服药，不完整的治疗周期，不完整的药物治疗，都会造成结核菌耐药。耐药结核菌处理非常棘手，可能导致在手术局部，或身上其它部位再次发生结核菌感染。感染到后期可能面临无药可医的局面。因为仅通过局部处理，不能很好地控制结核菌的全身播散，随意的手术处理可能会加速结核菌在全身播散，严重者甚至可能会危及生命。