儿童偏头痛与成人预防性治疗的原则相反，如果患儿偏头痛频率、严重程度已严重影响到生活，或导致大量急性期药物使用的情况下可以考虑使用预防性治疗。预防性的治疗有：
1、采用非药物治疗，睡眠对于患儿非常重要，一定要保证睡眠充足，每天8-10小时的睡眠时间；
2、可以尝试使用放松、生物反馈、生物疗法等治疗方法；
3、非药物治疗均无效的情况下，考虑药物治疗，其中氟桂利嗪是现在被证实有效的儿童偏头痛预防性药物，另外小剂量的研究样本表明，左乙拉西坦、加巴喷丁等抗癫痫药也有明显的效果。
儿童预防性治疗的时间长短与成人不同，目前仍有争议。部分建议患儿读书时进行，因为学习可能较紧张，无法保证睡眠，而到假期时则逐渐停药；也有预防治疗6-8周后即可考虑停药的这种观点。
