扁桃体的肿瘤可以大致分成良性、恶性两大类。扁桃体的良性肿瘤，比如乳头状瘤，通过手术或者小手术切除，不会危害到生命；恶性肿瘤容易复发或者转移，处理方式则取决于具体的病理类型，比如最常见的一种类型是扁桃体癌，跟扁桃体的恶性淋巴瘤的处理不一样。以淋巴瘤为例，目前对放化疗的敏感度比较好。当然淋巴瘤里面有非常多的类型，对放化疗，特别是化疗的敏感度好，一般是在化疗的基础上，有可能加或者不加局部的放射治疗，从而可以治愈；而如果是扁桃体癌，目前选择的处理的方式有两种，在以放疗为基础的治疗上可以加用化疗以及手术治疗。
如果是跟病毒相关，如由于人乳头状瘤病毒感染引起，目前首选进行放化疗，因为此类肿瘤对放化疗的敏感度非常好，基本上80%以上的肿瘤通过放化疗就能够得到控制；如果是烟酒引起的扁桃体癌，相对对放化疗的敏感度要差。如果肿瘤比较小，放化疗跟手术的效果类似；而如果肿瘤是比较大的情况下，要考虑手术对功能的影响，主要是吞咽功能、发声功能，综合考虑是先做手术再做放疗；还是先做放化疗，如果放化疗控制不足再进行手术。
