肝脏的解剖结构除肝实质本身，还包括血管系统和胆管系统。在血管系统中又分为肝动脉系统、门静脉系统，还有肝静脉系统。其中肝门静脉系统是肠道及脾脏的回流血液，由脾静脉、肠系膜上静脉和肠系膜下静脉汇合而成，形成门静脉后进入肝脏。

门静脉系统的位置是在肝门，即门静脉入肝位置。肝门处是肝脏门静脉主干，主干远端由脾静脉和肠系膜上静脉汇合而成，处于肝脏胃和脾间。另外，肠系膜上静脉是在肠系膜阶段由肠系膜静脉分支汇合而形成肠系膜上腔静脉。肠系膜下静脉与肠系膜上静脉汇合后再与脾静脉会合，结合成门静脉主干后入肝。