肠系膜淋巴结炎主要由于病毒和细菌引起，主要以给予抗病毒、抗细菌药物进行治疗。抗细菌药物包括头孢类、喹诺酮类抗生素，抗病毒药物包括阿昔洛韦，或其他抗病毒对症药物。部分中成药，如藿香正气丸，对于病毒引起的肠道炎症疼痛，也可以起到比较好的治疗。

患者有时会出现低温、腹痛，应进行相应的镇痛和退热治疗。同时注意排除是否为急性阑尾炎、输尿管结石，或输卵管扭转等，需要手术的疾病引起的疼痛，以免延误病情，危及生命。