子宫内膜异位囊肿称巧克力囊肿，每次月经时囊肿出血，并逐渐增大。待长到一定程度时可破裂引起腹腔粘连或急腹症改变，可有突起剧烈腹痛。
巧克力囊肿恶变率为1%以上，较大巧克力囊肿需及时处理。一般超过4-5cm时需手术处理。明确巧克力囊肿，若做过第一次手术，第二次可做穿刺治疗，经阴道B超引导下穿刺，将巧克力液体吸出，然后打入无水酒精，将子宫内膜异位病灶烧灼后可达到治愈。
巧克力囊肿最大缺点是易复发，虽经手术、药物治疗，但过一段时间它又可长出，常为多发性。