检查卵巢囊肿的最佳时间，通常为月经刚干净1个星期内检查，有时卵巢会出现生理性囊肿，为避免出现判断错误，建议患者月经干净后在进行检查。通常在月经中期以后，可能会随着卵泡的增大而增大，但卵泡增大后破裂，该缩小时生理性囊肿又不缩小，如更年期或40多岁以后的患者，该生理性囊肿可能为炎症造成，但到月经后又缩小、消失，则属于生理性囊肿。
如果患者的卵巢囊肿月经前也有，月经后也有，且月经前、后大小不变，则属于真性卵巢囊肿或有病理性存在的卵巢囊肿，如畸胎瘤、巧克力囊肿等。巧克力囊肿有时可能会稍微有点变大，但会持续存在，而且越来越大。一般为减少生理性囊肿被误诊为卵巢囊肿，建议患者月经刚结束结束1个星期以内进行检查最佳。
