扁桃体通常不是在左侧或者右侧，而位于咽腔两侧。扁桃体为呈卵圆形的淋巴上皮组织，为一对淋巴上皮组织，位于咽腔双侧扁桃体窝内。扁桃体窝的前缘即舌腭弓，后缘即咽腭弓，扁桃体外侧由被膜环绕，内侧裸露于咽腔内。扁桃体为重要的淋巴上皮器官，在人体起到重要的防御作用。

扁桃体内侧面的黏膜上皮，向扁桃体实质深陷，形成6-20个盲管，即扁桃体隐窝，所以扁桃体的表面看上去凹凸不平。扁桃体隐窝常积存上皮组织脓性分泌物、食物残渣以及细菌和病毒的繁殖的场所。当机体免疫力下降的情况下，导致隐窝开口堵塞而继发炎症，容易形成病灶，引起扁桃体感染，甚至引起重要脏器的炎症，为扁桃体较为严重的并发症。