子宫内膜异位症最典型症状是继发性痛经进行性加重，患者多表现为下腹部、腰骶部及下腹正中疼痛，甚至放射至会阴、肛门及大腿。多出现于月经来潮后，少数患者月经前出现持续到整个经期。但子宫内膜异位症引起疼痛与患者体征一般不相符，疼痛与病灶大小无关，主要与病灶部位有关。

部分患者子宫内膜异位症出现于子宫直肠窝以及低韧带，这种情况会出现同房疼痛。部分患者存在卵巢囊肿即卵巢异位症，卵巢巧囊达到8-10cm，甚至10cm以上，不一定出现痛经症状，大约27%-40%子宫内膜异位症患者疼痛症状与体征不相符。