十三味菥蓂丸，对精索静脉曲张没有直接的治疗作用。精索静脉曲张是由于精索静脉先天发育或解剖结构，或者长时间久坐，导致的静脉回流障碍。中医认为精索静脉曲张是由局部的瘀血所导致，中医治疗精索静脉曲张，主要是通过益气、活血、化瘀、通络的治疗思路。

而十三味菥蓂丸主要具有清热、通淋、止痛的作用，主要治疗睾丸的肿胀、疼痛，或者下焦由湿热导致的疼痛。从十三味菥蓂丸的药物组成和主要的功效来看，并没有直接治疗精索静脉曲张的作用，所以十三味菥蓂丸对精索静脉曲张的治疗效果不明显，或者仅善于治疗由湿热型精索静脉曲张导致的睾丸局部肿胀、疼痛，对这一类的精索静脉曲张有一定的治疗作用。对大部分精索静脉曲张的疗效有限，甚至没有用。