幽门螺杆菌感染经治疗后，一般于停药后一个月复查，如果检查为阴性，可认为根治治疗成功。如果复查是阳性，认为这次根治治疗失败。

幽门螺杆菌根治的有效率与多种因素有关，包括对药物的不敏感，或者有耐药性，药物抑酸能力比胃腔酸度低，及所选抗生素的耐药性、敏感度等。除此之外，要注意病因是否已经控制，饮食是否卫生，在外就餐时应进行分餐制。同时做好口腔的清洁，有的牙齿上有菌斑，如果不注意洁齿，菌斑中就会存在幽门螺杆菌。而菌斑不容易彻底杀灭，在吞咽到胃内后就会影响幽门螺杆菌的根除率。