肛瘘在临床上分为复杂性肛瘘、单纯性肛瘘，或者高位肛瘘、低位肛瘘，不同类型的肛瘘对预后的影响较大。一般低位单纯性肛瘘的创伤较小，愈合相对较快，在3周到1个月即可愈合。若为复杂性肛瘘，比如特别高位的复杂性肛瘘，损伤组织较多，创面较深，则愈合时间相对较长。若患者合并其它肛瘘，如克罗恩病肛瘘、结核性肛瘘、或者骶前囊肿感染引起的肛瘘。如果并未明确病因，一般无法较快愈合，甚至无法愈合。因此，出现此类症状后，需要注意详细询问患者的病史。
在进行肛瘘手术时，若肛瘘内口处理干净、刀口引流通畅，即使是高位复杂性肛瘘，也可在短时间内，即1个月左右正常愈合，但仍需要根据手术的情况、术后换药的情况以及刀口引流的情况综合判断恢复时间。临床上影响肛瘘恢复的原因较多，需要在明确影响肛瘘愈合的原因后进行个性化治疗，尽可能缩短创面愈合的时间。
