单纯室间隔缺损修复手术是一个比较安全的手术，患者或患儿家长不需要过于担心。小儿室间隔缺损现在死亡率只有1%；大龄患儿或成人合并单纯室间隔缺损，目前在大的医疗中心，手术死亡率已经接近为零。

合并有其它心脏解剖畸形的室间隔缺损属于复杂先天性心脏病，这一类患者手术风险会提高，据报道手术风险可以高到5%，甚至10%，需根据具体解剖畸形而定。