肾结石引起患者的疼痛，原因就是肾结石在体内位置移动，刺激到内脏神经引起了牵拉痛，引起一过性痉挛，所以这时要配合镇痛、解痉、排石的药物。
患者有时说打了针之后不疼，可是第二天、第三天又开始疼痛，这是因为肾结石在体内继续往下排。从肾脏排到输尿管上段，从输尿管移动到输尿管下段，这时肾结石再次移位，仍然会引起疼痛。所以医生经常告诉患者疼痛是好事，这说明肾结石在往外排。
当从输尿管排到膀胱里时，患者也有明显的感觉，会觉得某一侧恢复通畅。当肾结石进入到膀胱，又从膀胱进入到尿道时，患者可能又会感觉到疼痛，但这时疼痛的位置会改变，会变成下腹部疼痛，最后排出体外。
