十二指肠溃疡的好发部位，可能90%及以上是十二指肠球部。消化道解剖为食管下方是胃，胃下方是幽门，幽门紧邻十二指肠球部。十二指肠球部与降部间的拐角称为球降交界，之后便是降部，降部旁是十二指肠水平段，由于球部的解剖位置，十二指肠溃疡疼痛可能表现在剑突下，或剑突下偏右部位。

若内镜发现十二指肠溃疡位于球降交界处、降部或水平段，需警惕有无特殊原因引起，如可能存在胰腺的神经内分泌肿瘤，引起十二指肠溃疡。而80%十二指肠溃疡均在幽门螺杆菌感染基础之上发生，且多位于球部。