新生儿胃食管反流检查方法有超声检查、食管造影等。

1、超声检查：作为一种无损伤性的检查方式，超声可以清晰地观察到食管下端的充盈情况，以及胃与食管之间液体的来回流动。这种检查方法的敏感性高达95%，但特异性相对较低，为58%。

2、食管造影：这是一种方便易行的检查方法，可以观察食管的形态、食管动力改变以及胃食管的解剖形态。此外，它还可以判断是否存在合并症。因此，可以作为初步筛选方法之一。

3、食管24小时pH监测：这种监测方法可以反映胃食管反流的发生频率、时间、反流物在食管内的停留状况，以及反流与临床症状、体位、进食之间的关系。这种方法有助于区分生理性和病理性反流，其敏感性和特异性在各种检查方法中居于首位。

参考资料：刘玲,蒋榆辉主编.新生儿疾病临床管理速查手册[M].云南科技出版社.2015.09