肠道菌群紊乱的患者，需要服用的药物与病因、菌群紊乱的程度等多种因素有关，不可一概而论。对于症状较轻的患者，服用益生菌、乳酸乳杆菌等活菌制剂，就可以起到很好的治疗效果。但部分病情较重的患者，除了需要口服药物以外，还需注射药物进行治疗：

1、Ⅰ度菌群失调：在细菌定量检查上发现菌群组成有变化，患者无或仅有轻微表现，一般无需过于担心。可通过饮食调理、规律作息、身体锻炼等方式，重建肠道菌群平衡，菌群紊乱现象也可自然恢复；

2、Ⅱ度菌群失调：多由慢性肠炎、慢性痢疾等疾病导致，会出现慢性腹泻、腹痛等症状，通常不能自愈，需要尽早接受治疗，在医生的指导下应用嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌、乳酸乳杆菌等活菌制剂；

3、Ⅲ度菌群失调：由于药物以及疾病等因素引起，包括患者长期大量应用抗生素、免疫抑制剂、细胞毒性药物等，或者是本身患有糖尿病、恶性肿瘤、肝硬化等疾病。患者的病情急且重，甚至出现休克症状，建议患者到医院就诊，通过肌内注射丙种球蛋白来提高免疫功能，适当的服用一些双歧杆菌、分叉乳杆菌等药物，另外，还可应用菌群促进剂乳糖扶植大肠埃希菌、叶酸扶植肠球菌等来调整肠道菌群。