肠易激综合征病因复杂，并且病情反复发作，需要根据不同的个体，通常采用综合治疗才能有效治愈。临床上表现为腹痛、腹部不适、排便习惯改变以及大便性状的改变，经常与胃肠道其他功能性疾病如胃食管反流性疾病和功能性消化不良同时存在：

1、一般治疗：饮食选用易消化、少脂肪的食物，禁食辛辣刺激性或易敏感的食品。对于便秘、腹胀者，多吃富含纤维素，不易胀气的食物。同时不要暴饮暴食，不能吃零食。以腹泻为主的患者，应少吃含粗纤维的食品，如玉米、芹菜等，多吃富含维生素与蛋白质的新鲜水果和蔬菜，如猕猴桃、橙子等；

2、心理治疗：肠易激综合征的出现或加重与精神因素有一定关系。患者临床常表现出焦虑不安、抑郁等障碍，解除病人许多疑虑的心态，消除恐惧，提高战胜疾病的信心，对治疗疾病有很大帮助；

3、药物治疗：抗抑郁与焦虑的药物在一定程度上也能改善患者精神状态，同时可调节胃肠道功能，缓解胃肠症状。但前提是应在医生的指导下用药，如帕罗西汀、阿米替林等抗抑郁和抗焦虑药物，能有效阻隔肠易激综合征躯体症状与心理障碍之间的恶性循环。遵医嘱可以用山莨菪碱、贝那替秦、洛哌丁胺、益生菌制剂等药物抑制致病菌繁殖生长，纠正肠道菌群失调，恢复和维持肠内微生物生态系统稳定，从而治疗腹泻；用西沙必利、乳果糖等药物增加胃肠推动力，促进排便，但有过敏者应慎用，从而治疗便秘；用激素和肽相关治疗来加强收缩肠运动；另外还可以用口服蒙脱石散、注射用醋酸亮丙瑞林来防止肠上皮细胞损伤，吸收肠内气体，降低肠道敏感性。