腘窝囊肿是不会自行消失的，腘窝囊肿一旦发现，只会越来生长越大，而且逐步随着体积的增大，对周围的软组织以及神经、血管逐渐产生压迫作用，尤其是压迫腘窝处的血管，容易导致回流障碍，导致小腿的肿胀和疼痛，严重的甚至影响到小腿的感觉和运动。即使腘窝囊肿做手术切除之后，也会有一部分的囊肿复发，因为腘窝囊肿很多囊壁都延伸到膝关节，即使手术切除，绝大多数仍然会有复发的几率。