咽峡炎和咽喉炎在临床上区别较大，咽峡炎在临床上最常见于病毒性咽峡炎，主要是由于柯萨奇病毒感染所引起传染性的咽喉炎症。而咽喉炎在临床上主要是见于急性的咽喉炎或慢性的咽喉炎。急性咽喉炎的病因通常是与乙型溶血性链球菌感染有关。

慢性的咽喉炎主要是由于患者局部黏膜免疫力下降及急性咽喉炎未完全治愈，或者扁桃体炎症刺激及上呼吸道炎症刺激所引起。所以咽峡炎和咽喉炎的主要区别，通常是由于细菌或病毒感染的区别，胃酸反流也会引起咽喉的炎症，抑制胃酸治疗效果较好，而咽峡炎的治疗通常需要抗病毒治疗。所以当患有咽峡炎或咽喉炎时，需要及时行电子喉镜的检查来排除病因。