膝关节下蹲时疼痛，主要考虑以下两个原因：

1、膝关节半月板后角损伤，膝盖在屈曲过程中，特别下蹲过于屈曲时，会导致后角牵引力量明显增加，撕裂的半月板会进一步加重引起疼痛，磁共振检查可以明确，治疗上需要进行部分半月板切除。

2、膝关节骨性关节炎，主要为髌骨和股骨关节面磨损引起，由于在下蹲过程中，髌骨和股骨间的压力就会有明显增加，由于关节面的磨损、关节软骨的剥脱，会导致关节间的疼痛加重，早期可以通过休息口服硫酸氨基葡萄糖营养软骨治疗，大部分能够有效的改善，但随着进一步发展，软骨完全剥脱，就需要进行关节置换手术治疗，才能够彻底的恢复。