下蹲时膝盖窝疼可能有以下几种原因：

第一、半月板的损伤，当半月板后角有撕裂或者损伤时，可以在下蹲时挤压半月板的后角而导致膝盖窝的疼痛，这时要早期的进行膝关节的X线片、核磁检查，来进行早期的诊断和早期的治疗；

第二、膝关节的骨性关节炎，当严重的膝关节骨性关节炎累及了膝关节的软组织时，就可以出现下蹲时膝盖窝疼的症状，这时要早期进行膝关节的X线、CT的检查来进行诊断；

第三、髌骨关节炎，髌骨关节炎的患者也可以出现膝盖的疼痛，常伴有软骨的损伤，这时要早期的进行膝关节的X线片、CT的检查来进行诊断；

第四、膝关节的腘窝囊肿或滑囊炎，当膝关节有腘窝囊肿或滑囊炎时，也可以出现蹲下时膝盖窝疼，这时可以触及到囊性的肿物，可有胀痛感，这时要早期的进行腘窝的彩超以及核磁的检查来进行诊断。