卡氏肺孢子虫肺炎的治疗主要包括以下几方面：

1、一般治疗：患者应卧床休息，增加营养摄入，注意水、电解质的摄入，并予以鼻导管吸氧或面罩吸氧、呼吸机辅助呼吸等纠正缺氧表现。

2、药物治疗：复方磺胺甲恶唑是治疗卡氏肺孢子虫肺炎有效的药物，但要注意可能引起的肝肾功能损害等副作用。若患者病灶呈弥漫性改变，出现严重低氧血症时，可短期使用糖皮激素减轻炎症反应，并可予以丙种球蛋白、胸腺肽等增强免疫治疗。

3、基础疾病治疗：卡氏肺孢子虫肺炎患者一般都有HIV感染、血液系统疾病、恶性肿瘤等基础疾病，需要积极控制原发疾病，以减轻免疫功能持续下降。