功能性分流指的是在肺部发生严重病变的部分，肺泡的通气量会明显减少，但是这部分病变肺泡之中的血流量并没有相应的也随之减少，相反，甚至还可能会因为某些炎症而导致肺泡充血，从而使肺泡中的血流量增多。

肺泡内每分钟的通气量与每分钟肺泡中血流量的比值明显减少，从而导致流经这部分病变的肺泡静脉血，还没有充分与氧气结合就汇入到了动脉血内。这种情况在临床上与动静脉短路的情况相类似，所以被称之为功能性分流。功能性分流在临床上可由多种疾病所引起，例如患有支气管哮喘、慢性支气管炎或者肺纤维化，以及肺水肿者都可能出现功能性分流的情况。