医院获得性肺炎，最常见的致病菌还是以革兰氏阴性杆菌最为多见，例如铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌、鲍曼不动杆菌、流感嗜血杆菌等，革兰氏阴性杆菌大约占到60%左右，而且又以耐药菌最为多见，使其治疗起来更加困难。

革兰氏阳性菌也不少见，常以金黄色葡萄球菌多见，其中又以耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌为主，还可见于肺炎链球菌、肠球菌、凝固酶阴性的葡萄球菌等，部分患者可以出现混合感染，可以合并支原体、衣原体、军团菌、厌氧菌感染。部分医院获得性肺炎有时还可以合并结核分枝杆菌或真菌等感染，从而使其病情更加复杂、更加严重。故医院获得性肺炎的抗感染治疗，需尽量的根据其致病原，选择有效的抗感药物治疗。