儿科内分泌主要治疗以下疾病：

一、糖尿病，儿童糖尿病以1型糖尿病为主，少数肥胖且有糖尿病家族史的儿童也可以发生2型糖尿病。

二、甲状腺疾病，可合并有甲状腺功能亢进症，或甲状腺功能减退症等甲状腺功能的异常，也可以出现甲状腺结节等。

三、体格的发育异常，比如过于肥胖或消瘦，由于垂体分泌生长激素过多或过少引起的巨人症，或者侏儒症也属于儿童内分泌科。

四、性腺发育异常，儿童常见的性早熟和性发育延迟、乳腺发育异常、第二性征的异常、性器官发育的异常等都需要到儿科内分泌就诊。