亚甲炎后期炎症消失以后可出现一过性的甲减，一般持续6-8周，极少数形成永久性的甲减。亚甲炎的总病程大概2-4月，有的病程可以持续1年甚至更长的时间，部分患者的亚甲炎可以反复发生。

亚甲炎是以病毒感染有关的一种自限性甲状腺炎，绝大多数可以治愈且预后良好，一般不遗留甲状腺功能减退症，轻型患者仅需应用非甾体抗炎药，如阿司匹林、布洛芬、吲哚美辛等减轻疼痛的症状。中、重度的患者可给予激素治疗，能够明显缓解甲状腺疼痛。针对甲状腺毒症的表现可以给予普萘洛尔，针对一过性甲减可以适当给予左甲状腺素进行替代治疗。