习惯性流产的用药应根据病因对症用药。若孕妇有血栓前状态，血液呈高凝的状态，可在孕前或孕期加用小剂量的阿司匹林及低分子肝素治疗。若孕妇有糖尿病，可在整个孕期均使用胰岛素，甚至口服降糖药治疗。

若孕妇有甲状腺功能低下，可在孕期口服优甲乐、加衡、雷替斯补充治疗，如孕妇未得到很好的补充，宝宝可能先天性的甲状腺功能低下，甚至有智力低下的危害。