膝关节腘窝囊肿的治疗方案主要有两种：

第一种是保守治疗。膝关节出现腘窝囊肿之后可以采用保守治疗，在彩超引导下使用注射器，将腘窝囊肿的内容物尽量抽取干净，然后局部肿物的囊内注射适量的曲安奈德注射液，然后适当的加压包扎。这样可以促进囊肿的粘连使其不再复发，但这种治疗的成功率并不是100%，有较大复发的几率。

第二种是手术治疗。如果经过保守治疗无效或者囊肿严重影响生活，可以考虑做手术将其彻底切除掉。