跑步的时候膝盖内侧疼，大多是没有做好热身、韧带拉伤、关节损伤引起，但也应考虑为滑囊炎、关节炎等因素导致，建议暂时不要再继续跑步，在医生的指导下进行治疗。

1、没有做好热身：跑步前没有做好热身运动，突然开始运动可能导致膝关节肌肉过度拉伸、收缩等，容易出现痉挛而有内侧疼痛。可暂时停止跑步，先冷敷后热敷，并配合医生进行推拿、按摩等，促使局部肌肉放松。

2、韧带拉伤：若跑步时间较长、强度过大等，可导致位于膝盖内侧韧带损伤，出现疼痛症状。建议多休息，配合医生应用阿司匹林肠溶片、布洛芬缓释胶囊等药物进行镇痛处理。

3、关节损伤：膝关节及周围组织因为磕碰、撞击等，导致局部软组织、骨骼等出现损伤，如半月板损伤等，均会出现明显疼痛。建议暂时休息，遵医嘱使用消肿止痛酊、布洛芬凝胶等。

4、滑囊炎：多与剧烈运动、受凉等因素有关，活动时对膝关节内侧造成牵拉、刺激，使疼痛更明显，且有红肿、皮肤发热等。可以在发作时冰敷，并按照医嘱服用美洛昔康片、醋酸泼尼松龙片等药物，或是采取超声波理疗、滑囊切除术等措施。

5、关节炎：若膝关节受到炎性因子的刺激，会导致关节活动障碍，在跑步时疼痛会加重，建议遵循医嘱服用吲哚美辛肠溶片、塞来昔布胶囊等药物。

此外，还可能是关节脱位、骨肿瘤等导致的，可到骨科经X线、体格检查等明确，治疗期间注意严格遵医嘱用药，避免过度劳累、受凉等，也不宜吃过辣、嘌呤过高的食物，以免加重病情。