足背腱鞘囊肿可以外敷扶他林软膏，口服扶他林片，缓解疼痛及肿胀的症状，还可以局部注射曲安奈德，使囊肿内的滑液吸收。

药物治疗只是起到辅助作用，不能彻底的根治足背腱鞘囊肿，对于小的腱鞘囊肿可以经外力挤压，使囊壁破裂，囊液自行吸收，但这种方法会导致足背的腱鞘囊肿复发，反复的复发会导致腱鞘囊肿的囊壁增厚，引起粘连，导致疼痛加重。

如果较大的囊肿通过挤压不能导致破裂，可以行手术治疗，手术彻底切除囊壁，并找到与关节腔相通的通道，给予关闭缝合，清除滑液，术后要限制活动，避免剧烈的运动及负重。