头部CT和头部磁共振在检查时各有所长，具体如下：

1、头部CT具有放射性，有辐射，而头部磁共振没有辐射，但是如果患者身上有钢板、支架等金属物品时无法进行磁共振检查。

2、头部CT对于脑部的出血性疾病看的比磁共振更加清晰，而对于缺血性疾病如脑梗死，磁共振则优于CT，磁共振可以查出颅脑CT无法发现的小病灶，而且还能够区分出急性病灶和陈旧性病灶，这点优于CT。

3、颅脑部的血管检查，CT和磁共振都可以进行，但是CT需要加造影剂，价格贵一点，但清晰度比磁共振血管检查更加清楚。

4、早期的脑血管病在发病不足24小时的情况下都有可能看不清楚，早期发病不足24小时的时候CT和磁共振将来都可能需要复查。

5、颅脑的肿瘤性疾病，无论是CT或者磁共振，在平扫时都有可能有看不清的情况。CT或磁共振的平扫如果有看不清楚的时候，都可以进一步加造影剂做CT或磁共振的增强扫描。