患者跑步时肚子两侧疼痛，临床上常见的原因主要有以下几种情况：

一、患者经常进行腹部肌肉锻炼，可造成局部较多的乳酸等代谢废物堆积，跑步时由于肌肉的震颤，会引起肚子两侧的疼痛症状。此时患者可以通过充分的休息，腹部两侧适当的按摩、理疗以及热奄包外敷，促进乳酸等代谢废物较快吸收，从而可改善肚子两侧的疼痛症状。

二、患者腹腔内若伴有恶性肿瘤增生，如小肠多发间质瘤，由于肠管比较游离，跑步时活动幅度比较大，可引起肚子两侧的疼痛症状。患者可以通过完善腹部的CT和彩超检查，明确间质瘤的具体部位和性质，建议尽快行手术切除间质瘤，术后可结合化疗治疗，部分患者常可取得较好的治疗效果。