胃间质瘤手术时间取决于肿瘤大小、恶性程度、周围脏器有无侵犯。如果肿瘤仅局限于胃壁，体积很小，单纯肿瘤楔形切除即可，无论通过开腹还是腔镜手术，大多在1小时以内可以解决。

但如果肿瘤很大，生长在贲门结合部或十二指肠和胃接头部位，需做胃大部切除或全胃切除，甚至肿瘤侵犯周围脏器，需做联合脏器切除，手术时间长，需3-4个小时，甚至更长时间。