免疫抑制剂的副作用可分成几大类，临床用得较多、较常见的一类免疫抑制剂是激素，全名是糖皮质类激素。这类激素在临床应用较为广泛，甚至在有些地方已经出现耐药问题，不良反应要加以重视。首先会出现女孩子难以接受的满月脸和水牛背等体型改变。另外会引起水电解质紊乱，还有一种情况儿童使用要非常留意，可能会影响正常生长发育。

对于所有患者而言，免疫抑制剂最大的问题是在抑制免疫的同时，会导致感染，病毒、细菌及其他感染的可能性增加，更进一步可能会引起肿瘤发生，需要长期观察。总的来说，免疫抑制剂使用需要在医生明确诊断下、在药师监督下继续进行，这样才能达到最好疗效，避免不良反应发生。